Миноциклин Екофарм е показан при лечение на следните инфекции: инфекции на кожата: акне; инфекции на дихателните пътища: пневмония, придобита в обществото; белодробен абсцес; инфекции на стомашно-чревния тракт: остър холецистит; холангит; бактериална и амебна дизентерия; инфекции на пикочните пътища: пиелонефрит, пиелит, простатит, цистит, негонореен уретри причинен от Ureaplasma ixrealyticum и Chlamydia trachomatis; гинекологични инфекции: инфекции, развили се след раждане или аборт, метрит и аднексит, най-често причинени от Chlamydia trachomatis.
Миноциклин Екофарм е показан за профилактика срещу менингококов менингит, при носители на Neisseria meningitidis.